A kultuszokat és hiedelmeket az egész tartományra kiterjedően még nem vizsgálták, csak néhány város vallástörténetének áttekintése készült el. A kutatás főként a feliratos emlékek vizsgálatára koncentrált, amelyek azonban a kultuszoknak és hiedelmeknek csak szűkebb körét világítja meg.
A vallási életre talán legjellemzőbb vonásnak kell tartanunk, hogy helyi, Pannoniára korlátozódó, másutt elő nem forduló istenneveket alig ismerünk. Ebből a szempontból Pannonia olyan feltűnően elüt a gall-germán tartományok, Britannia és Hispania istenvilágától, hogy részben az őslakosság hiedelemvilágában, részben a kultuszok romanizációjában rejlő alapvető különbségre kell következtetnünk belőle. A klasszikus istenvilág dominál a feliratos és szobrászati emlékeken, állítóik többsége azonban magas rangú, katona, municipális tisztviselő, vagy idegen. Az őslakosság istenvilága, amely bizonyára létezett, számunkra rendkívül nehezen megfogható. Úgy látszik ez a bennszülött vallásosság elhatárolódott a hivatalos élet következményeként meghonosodott istenvilágtól és kultuszformáktól. Úgy tűnik a bennszülöttek nem állítottak isteneiknek oltárokat, de ugyanilyen ritkák a bennszülöttek által római isteneknek állított oltárok is. Kimondhatjuk, hogy tartományunkban az emlékekből megismerhető vallás színtelenül római. A bennszülött lakosság vallási képzetei sem római, sem saját helyi formában nem jutnak kifejezésre. Úgy tűnik Pannonia vallásosságának legjellemzőbb vonása, hogy nem engedte létrejönni a római és helyi képzetek szintézisét. Minden általános, római keretben fejeződött ki és ami kifejeződött az nem volt eredeti. Habár a tartomány egyes részein a peregrinus jogállású őslakosság, vagy annak később római polgárrá vált leszármazottai nagy számban állítottak síremlékeket, oltárokat szinte egyáltalán nem állítottak. Az őslakosság nyelvén megnevezett istenek száma hasonlóan kicsi és mind egy vagy két oltáron fordul csak elő. Ide sorolható Minitra (CIL III 3474), a Vidasus-Thana istenpáros, jelzőként pedig Ciniaemus (CIL III 3617) és Magla (CIL III 3963). Róluk nevüknél többet sajnos nemigen tudunk mondani. Genius Ciniaemus és Minitra eddig az egyedülien bizonyítható istenek, akik csak Pannoniában ismeretesek, de említésük csak egyszer fordul elő.
A klasszikus istenvilág dominálása már régóta arra indította a kutatást, hogy az őslakosság isteneit az interpretatio Romana leple alatt keresse, feltételezve, hogy a helyi isteneket valamely velük rokon klasszikus istennévvel azonosították. Az interpretált helyi istenek kimutatására tett számos kísérlet azonban nem vezetett biztos eredményre.
A votumok egy csoportja első látásra helyi istenség tiszteletét bizonyítaná, ezekre sokszor az istennév jelzője is utal. Mégsem jelentenek többet, mint hogy az illető helyen jelenlévő isteni erőt kézenfekvő és egyértelmű megfogalmazásban nevezik meg. Tehát tiszteletük nem jelent többet, mint a helyi istenségek (Genius loci) elismerése, a római vallás alapvető magatartása értelmében, amely idegen területre lépve mindig tudomásul vette az illető népek isteneinek létét. Ezt támasztja alá, hogy ezen feliratokat is elsősorban a helyi vezető réteg állította, nem pedig bennszülöttek. Ebbe a csoportba kell sorolnunk a sokféle genius locin kívül, a folyóneveknek (Danuvius), fürdőhelyeken és forrásoknál a Nymphák, Aesculapius és Hygieia, a szőlőkben Liber stb. tiszteletét.
Természetesen azért Pannonia vallásosságának is voltak helyi vonásai, azonban a nyugati kelta istenvilág egyes tagjainak tisztelete valószínűleg kizárólag a gall-germán provinciákkal való kapcsolat eredménye. A közös kelta hagyományra való visszavezetés kevéssé meggyőző, mert ezek az istenek vagy nagyon szórványosan fordulnak elő nálunk (Sucaelus, Sedatus, Belenus, Suleviae), vagy a katonaság hivatalossá vált kultuszában jelennek meg (Epona), vagy a noricumi szomszédsággal magyarázhatóak (Mars Latobius és Marmogius). Pannoniában kialakult, vagy pedig itt sajátos színezetet kapott kultuszként mindössze három említhető meg: a poetovioi Nutrixek, Silvanus és az un. Dunai lovasisten. Ez utóbbi kettő, bár egyértelműen pannoniai színezettel rendelkezett, nemigen sorolható a bennszülött istenvilághoz. Ennek ellenére, mint tartományunkra jellemző, helyi sajátosságokat mutató kultuszt, röviden megemlítjük őket.
A poetovioi Nutrix-szentélyben és másodlagosan felhasznált domborműveken egy szoptató istennő van ábrázolva több nőalak kíséretében. Ennek az ábrázolásnak ellentmondóan a fogadalomtevők férfiak voltak, néha feleségükkel közösen, a fogadalom pedig több Nutrixnak szól (Nutricibus Augustis). Minden biztos esetben a szülők a gyermekükért tesznek fogadalmat. A dajka –és anyaistennők Pannoniában is meglevő kultusza fogalmazódott meg sajátos formában ebben a Poetoviora korlátozódó istenalakban.
Silvanus oltárai és ábrázolásai rendkívül gyakoriak a tartományban, ezért már régen a pannoniai őslakosság istenének , sőt egy időben az “illírek nemzeti istenének” tartották. Az illír nyelv és etnikum pontosabb körvonalazódása óta ezt a feltevést elvetik, mivel a neki állított emlékek szignifikánsan a kelták által lakott északi részről kerültek elő. Silvanus hatalmas népszerűsége, emlékeinek sokasága, sokfélesége az istenképzet sokoldalúságával és az őt tisztelők körének sokrétűségével párosul. Ennek ellenére a kultusznak nincs hivatalos színezete. Ritkán állított neki oltárt magas rangú tisztviselő, ritka a császárra való utalás és nincsenek nagy szentélyei, vagy szent körzetei, amelyek a környéknek kultikus központjai lettek volna, mint ahogy ez jellemző volt a nyugati keltaság nagy szentélykörzeteire. Ezért kevéssé valószínű, hogy az őslakosság istenvilágának főalakja lett volna. A magánélet és a gazdálkodás szinte minden területére és a természeti erők egy részére kiterjedő hatalmából, inkább egy sokféle isteni erő képzetének összeolvadása feltételezhető. Ezek között természetesen jelen lehetnek az őslakosság hiedelemvilágának egyes elemei is. Ikonográfiája megfelel az itáliai Silvanusnak. Álló férfialak, jobbjában szőlőmetsző késsel, amely a legfontosabb attribútuma, baljában lombos faág, vagy gyümölcs, amelyet néha a fogadalomtevő rangjával vagy foglalkozásával kapcsolatos tárgy helyettesít, például két lándzsa. A lábánál kutya található. Ez a típus annyiban tér el az itáliaitól, hogy míg az ruhátlan, fiatal és szakálltalan, addig a pannoniai fel van öltözve és szakállas, idősebb ember. Képi ábrázolásain ritkán szerepel eygyütt más istenekkel (Poetovioban a Nutrix mellett látható). Ezt az egyértelmű, változékonyságot nem mutató ikonográfiai típust és az istenalak ilyetén megfogalmazását az italikusokhoz köthetjük. Ezt támasztja alá, hogy a legkorábbi, 1. századi oltárokat Nyugat-Pannoniából ismerjük. Az ikonográfiánál változatosabb az istenség megnevezése. Aquileiában gyakori az Augustus, egyébkén leggyakoribb a silvestris és domesticus jelző. Ezen kívül csak egy-két esetben felbukkanó jelző (Magnus, sanctus, pantheus) részben az isten egyetemességét, részben konkrétabb, a fogadalom indítékával összefüggő funkcióját hangsúlyozzák (mammula, herbarius, bellator, praeses, venationum)
Összességében a kirajzolódó kép szerint Silvanus a ház, a kert, a birtok, a szőlő, a mezőgazdasági tevékenység, az erdők és a vadászat, a családi termékenység, a rabszolgák sorsának, tehát az élet magánjellegű szféráinak istene. Ehhez társulnak a többes számban ábrázolt és megnevezett női megfelelői a Silvanae. Hatalmuk rézsben a Nutrixokéval egyezik meg, részben az érintetlen természet egyes erőire, különösképp a forrásokra terjed ki. Az útkereszteződésekhez fűződő mágikus praktikákhoz fűzhető az utazót védő Silvanus viator, akinek segítségét gyűrűkön is kérték. Az oltárokon, kis domborműveken és szobrokon kívül még egyszerű ólom fogadalmi tárgyak tartoznak Silvanus kultuszának emlékei közé. Ez utóbbi emlékcsoport kifejezetten népies, magánjellegű kultuszra utal.
Az un. Dunai lovasisten mindössze egyetlen emlékcsoportról, kisméretű ólom, vagy kő domborművekről ismert. Az elterjedési kör centruma a Szerémség, innen származik a legtöbb darab. A kis táblácskák központi alakja egy ülő istennő, akitől jobbra és balra földön fekvő emberalakokon egy-egy lovas áll. Járulékos eleme lehet még az ábrázolásnak a quadrigás Sol, Sol és Luna, kígyó, oroszlán. A két lovast a Dioszkuroknak tarthatjuk, de az ábrázolások elrendezése az Epona-ábrázolások kompozícióját követi. Lehetséges, hogy az Eponára emlékeztető istenalak miatt talán a lovas katonaság köréből ered ez a kultusz. Szimbólumkincse sokat merített a keleti kultuszokból, kialakulása a 2. századra tehető Az ábrázolások zónás elrendezése és a halott ellenségen tipró lovasok szintén orientális befolyás eredményei. A tipológiai fejlődés és az időrend egyenlőre nagyon bizonytalan. Az azonos öntőmintából származó darabok távoli felbukkanása miatt, a kultusz olyan terjesztésére lehet gondolni, ami együtt járt a táblácskák árusításával, amelyek amulettszerepet tölthettek be.
Összefoglalóan tehát elmondható, hogy a bennszülött vallásos hagyományokat nem igazán ismerjük, tartományunkban nem mutathatóak ki kelta eredetű és a római korban továbbélő istenek. Csupán néhány istennevet ismerünk, amelyek más tartományban nem fordulnak elő, így lehetséges, hogy kelta eredetűek. Azonban csupán egy-egy nekik szentelt feliratot ismerünk, így lényegében szinte semmit sem tudunk róluk mondani. Az utóbb röviden bemutatásra került Silvanus és Dunai lovasisten kultuszának nincsen bennszülött előzménye, csupán azért ejtettünk róluk néhány szót, mivel kultuszok pannoniai sajátságokat mutat.